FBXO43在泛癌中的表达及其与免疫细胞浸润和预后的关系

摘要

目的 基于生物信息学探讨FBXO43在泛癌中的表达及其与免疫细胞浸润和预后的关系。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）和基因型-组织表达（GTEx）数据库获取33种癌症的基因表达数据，分析FBXO43在33种癌组织中的表达水平；从TCGA数据库中获得33种癌症的临床病理和生存数据，使用基因表达谱交互式分析（GEPIA）工具分析FBXO43表达与患者临床分期相关性；采用Kaplan-Meier生存分析评估FBXO43表达与预后的关系；利用R语言分析FBXO43与免疫细胞浸润、免疫检查点（ICP）基因、肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、错配修复（MMR）基因的关系。通过基因集富集分析（GSEA）分析FBXO43潜在的生物学机制。采用q RT-PCR检测正常胃黏膜细胞（GES-1）和胃癌细胞（HGC-27、MGC-803、MKN-45），正常肝细胞（LO-2）和肝癌细胞（SMMC-7721、HEPG2、HuH7、MHCC-97H）中FBXO43的表达水平。结果 TCGA联合GTEx数据库统计结果显示，肾上腺皮质癌（ACC）、膀胱尿路上皮癌（BLCA）、乳腺浸润癌（BRCA）、宫颈鳞癌和腺癌（CESC）、胆管癌（CHOL）、结肠癌（COAD）和弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBC）等26种癌组织中，FBXO43的表达均高于正常组织（均P <0.05）；而肾嫌色细胞癌（KICH）、睾丸癌（TGCT）和甲状腺癌（THCA） 3种癌组织中，FBXO43的表达均低于正常组织（均P <0.05）。GEPIA数据分析结果显示，FBXO43表达与ACC、 KICH、肾透明细胞癌（KIRC）和肾乳头状细胞癌（KIRP）的临床分期呈正相关，而与卵巢浆液性囊腺癌（OV）和TGCT的临床分期呈负相关（均P <0.05）。Kaplan-Meier生存分析结果显示，FBXO43异常表达与多种癌症的预后相关（均P <0.05）。其中，FBXO43高表达是ACC、KICH、KIRC、KIRP、脑低级别胶质瘤（LGG）、肝细胞癌（LIHC）、间皮瘤（MESO）和肉瘤（SARC）的危险因素；但在胸腺瘤（THYM）中则是保护因素。XCELL算法发现，FBXO43表达与多形成性胶质细胞瘤（GBM）、KIRP、急性髓系白血病（LAML）、肺鳞状细胞癌（LUSC）和OV等9种癌组织中的免疫评分呈负相关（均P <0.05），并与BLCA、COAD、头颈部鳞癌（HNSC）、SARC和THYM等24种癌组织中的免疫细胞浸润水平密切相关，尤其在SARC中与大部分免疫细胞呈显著负相关（P <0.01）。相关性分析表明FBXO43与泛癌中的TMB、MSI和MMR存在显著相关性。GSEA分析显示FBXO43与多种肿瘤的细胞周期和免疫相关功能有关。qRT-PCR结果显示，与正常细胞比较，FBXO43在肝癌细胞中表达上调，在胃癌细胞中表达下降（均P <0.05）。结论 FBXO43异常表达与多种癌症的发生、发展密切相关；FBXO43可能是新的免疫细胞浸润和预后的标志物，可为癌症的靶向治疗提供新的方向。

关键词

FBXO43 / 预后 / 免疫细胞浸润 / 泛癌分析