基于色木枫转录组数据的核低拷贝基因引物开发

摘要

基于色木枫的转录组数据初步设计166对引物，并根据琼脂糖凝胶电泳与Sanger测序结果筛选出其中的26对核低拷贝基因引物.在东亚63个种群的182个个体中大批量扩增所开发引物，单倍型多样性范围为0.45～0.97，核苷酸多样性为（1.90～18.03）×10^-3;9～15对引物可在金钱槭、茶条槭、青榨槭和鸡爪槭中扩增；STRUCTURE聚类结果与之前核微卫星研究结果类似，且展示了更多的谱系地理结构，结果表明引物多态性高、拓展性强、具有可靠性.本研究的转录组数据为槭属的研究提供重要遗传信息，所用方法被证明可以有效开发大量核低拷贝基因引物，已开发出的26对引物将为色木枫的进化历史和槭属系统发育研究提供丰富有效的分子标记.

关键词

引物开发 / 转录组测序 / 核低拷贝基因 / 槭属