牦牛TRIB3基因克隆、生物信息学及组织表达差异分析

MEHRAN Sidra; 董宝霞; 荆海霞

畜牧与兽医 ›› 2024, Vol. 56 ›› Issue (05) : 1 -9.

MEHRAN Sidra, 董宝霞, 荆海霞

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摘要

旨在克隆牦牛毛球族同源蛋白3(TRIB3)基因并进行生物信息学分析，检测其在牦牛各组织中的表达情况，为后续探究该基因在牦牛中的功能提供理论依据。试验采集牦牛乳腺组织并以其cDNA为模板，克隆牦牛TRIB3基因序列，通过生物信息学分析了解其生物学特征和结构，运用荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测TRIB3基因在牦牛心脏、肝脏、肺脏、骨骼肌、乳腺及脂肪组织中的表达情况。结果显示：牦牛TRIB3基因CDS区全长为1 074 bp,共编码357个氨基酸，为不稳定性亲水蛋白；同源性对比结果显示，牦牛TRIB3编码氨基酸与野牦牛的同源性最高；系统进化树显示，野牦牛和野牛与牦牛TRIB3基因亲缘关系最近，最远是小鼠；TRIB3蛋白属于不稳定亲水性蛋白，主要存在于细胞核中，不含信号肽和跨膜结构域；TRIB3蛋白二级结构含有α-螺旋、延伸链、β-转角、无规则卷曲，分别占35.85%、9.52%、4.48%和50.14%;蛋白互作分析结果显示，TRIB3与组成型光形态建成蛋白1(COP1)、过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)、CCAAT增强子结合蛋白β(CEBPβ)、激活转录因子3(ATF3)、DNA损伤诱导转录因子3(DDIT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶2(AKT2)、AKT3和Twist相关蛋白1(TWIST1)之间均有紧密联系。RT-qPCR检测发现TRIB3基因在牦牛的不同组织中均有表达，乳腺组织中的表达量最高。研究结果为进一步探究TRIB3基因在牦牛乳腺中的作用和其生物功能提供一定的理论数据。