郏县红牛和安格斯牛18月龄背最长肌差异表达基因的筛选与分析

张格阳; 李玉龙; 朱肖亭; 张志杰; 翟亚莹; 牛欣然; 黄永震; 曾滔; 张子敬; 施巧婷; 王二耀; 吕世杰

畜牧与兽医 ›› 2023, Vol. 55 ›› Issue (05) : 14 -20.

张格阳, 李玉龙, 朱肖亭, 张志杰, 翟亚莹, 牛欣然, 黄永震, 曾滔, 张子敬, 施巧婷, 王二耀, 吕世杰

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摘要

旨在通过转录组学分析筛选出影响牛肌肉发育的候选基因。对5头18月龄的郏县红牛背最长肌进行转录组测序，获得转录组数据后与3头18月龄安格斯牛背最长肌的转录组数据(GSE57327)进行联合分析。结果：与安格斯牛相比，郏县红牛背最长肌中4 945个基因表达显著上调(FDR<0.05), 2 186个基因显著下调(FDR<0.05)。GO功能富集分析显示差异基因主要富集在与代谢相关生物学过程中。KEGG信号通路分析显示差异表达的基因主要富集到氧化磷酸化(oxidative phosphorylation)等通路上。从氧化磷酸化通路中筛选出两品种间差异表达最显著的20个基因，通过反刍动物基因组数据库(ruminant genome database, RGD)查看该20个基因的组织表达情况，其中泛素-细胞色素c还原酶复合物Ⅲ亚基Ⅺ(UQCR11)、细胞色素c氧化酶亚基7A1(COX7A1)、细胞色素c铜伴侣蛋白(COX17)、NADH氢酶辅酶Q铁硫蛋白5(NDUFS5)和线粒体ATP酶合成体ε亚基(ATP5F1E)这5个基因在牛骨骼肌组织中的表达量高于其他组织，推测这5个基因在牛的生长发育过程中可能发挥重要作用，可作为候选基因进行进一步验证。