1株猪流行性腹泻病毒CH/JSNT/2022/Jan株的分离及其S基因遗传进化分析

摘要

2022年1月份江苏南通一养猪场产房仔猪发生严重腹泻，发病率和死亡率均超过80%,原因未知。死亡仔猪肠道样本经RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪轮状病毒(PoRV),结果显示：仅PEDV检测为阳性，TGEV、PDCoV和PoRV检测均为阴性。将处理好的肠内容物接种Vero细胞，接种后48 h即观察到典型细胞融合、聚集成合胞体的PEDV典型细胞病变，且能够在Vero细胞上稳定传代，表明成功分离到病毒，并将其命名为CH/JSNT/2022/Jan株。通过电镜观察，观察到近似球形、直径约为100 nm、表面有囊膜和纤突的冠状病毒样粒子，表明分离毒株可能为PEDV。进一步对该毒株的S基因进行测序，序列相似性分析结果显示，分离毒株CH/JSNT/2022/Jan与PEDV S基因参考毒株的核苷酸序列相似性为93.5%～99.7%,氨基酸序列相似性为92.8%～99.9%;遗传进化分析结果显示，该分离株为GⅡa型，与多个2020年和2021年中国流行株处于同一进化分支，与疫苗株CV777、AJ1102和LW/L的遗传进化距离较远。研究结果表明，PEDV的田间流行株在不断变化，流行株的分离对PEDV疫苗研发和新的防控策略的制定具有重要意义。

关键词

猪流行性腹泻病毒 / 病毒分离 / S基因 / 遗传进化