刚地弓形虫表面抗原相关序列蛋白SRS40E的生物信息学分析

摘要

旨在探究刚地弓形虫表面抗原相关序列蛋白SRS40E的结构功能以及其作为抗弓形虫疫苗的候选分子的潜力。通过NCBI数据库下载表面抗原相关序列蛋白SRS40E的基因序列和氨基酸序列，通过ORFfinder网站联合GENSCAN网站对其基因序列进行ORF分析，氨基酸序列依次通过Prot Param、Expasy-ProtScale、TMHMM、SignalP-4.1、SOPMA、SWISS-MODEL、IEDB、SYFPEITHI、VaxiJen 2.0程序对SRS40E蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜结构、信号肽、空间结构、磷酸化位点、抗原表位进行分析预测。结果：表面抗原相关序列蛋白SRS40E的基因序列全长1 627 bp,由396个氨基酸组成，理论分子量是42 204.65,等电点为7.87,分子式为C₁₈₁₈H₂₉₅₁N₅₁₃O₆₀₀S₁₉,不稳定指数为47.19,脂溶性指数为72.73,亲水性总平均值为-0.314,预测显示为亲水性蛋白；该蛋白没有信号肽，具有跨膜结构；在二级结构中，α-螺旋占比18.94%、β-转角占比2.53%、β-折叠占比20.71%、无规则卷曲占比为57.83%;有53个磷酸化位点，其中30个丝氨酸磷酸化位点，22个苏氨酸磷酸化位点，1个酪氨酸磷酸化位点；有18个抗原决定簇，8个优势B细胞表位，8个优势辅助性T细胞（Th）细胞表位和2个优势细胞毒性T淋巴细胞（CTL）细胞表位。综上，表面抗原相关序列蛋白SRS40E包含多个B、T细胞表位，可作为弓形虫疫苗的候选蛋白。

关键词

刚地弓形虫 / 表面抗原相关序列蛋白 / SRS40E / 生物信息学