绵羊妊娠早期lncRNA生物标志物的筛选与鉴定

摘要

旨在探讨长链非编码RNA(lncRNA)在绵羊妊娠早期中的调控作用，研究其对绵羊生殖生理的调控机制。通过高通量技术对不同生理时期绵羊卵巢进行转录组测序，结合生物信息学获得差异lncRNA;利用顺式(cis)和反式(trans)关系探讨差异lncRNA靶基因，对靶基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)研究lncRNA表达模式。结果：试验成功构建了绵羊妊娠早期RNA文库，每个样品平均产出11.50 G数据，并且每个样品与基因组平均比对率为93.88%;试验共检测到23 219个差异基因，其中mRNA 418个，lncRNA 49个(已知17个，候选32个);对49个差异lncRNA通过cis和trans关系分析获得341个靶基因；GO和KEGG通路研究表明，5个lncRNA(LOC105612389、BGIG9940＿27655、RPS28、BGIG9940＿27548和BGIG9940＿27563)在妊娠期表达显著或极显著升高(P<0.05或P<0.01),均参与早期胎儿发育及相关调控过程；RT-qPCR结果表明，5个lncRNA基因表达量达到一定临界值时，预示该母羊已经妊娠。提示：5个lncRNA单独或联合使用有望作为早期妊娠检查的候选生物标志物，对绵羊早期妊娠诊断及提高经济效益具有十分重要的意义。

关键词

高通量测序 / 长链非编码RNA / 生物标志物 / 妊娠

基金资助

国家自然基金地区项目(32360905); 中国农业大学对口支援西昌学院联合基金项目(ZXL202403); 2023年西昌市技术研究开发与推广项目[(2023)53-11)]