绵羊妊娠早期lncRNA生物标志物的筛选与鉴定

常卫华; 杨富贵; 张桥桥; 王娟红; 倪国超; 赵影; 严光文

畜牧与兽医 ›› 2024, Vol. 56 ›› Issue (11) : 1 -9.

常卫华, 杨富贵, 张桥桥, 王娟红, 倪国超, 赵影, 严光文

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摘要

旨在探讨长链非编码RNA(lncRNA)在绵羊妊娠早期中的调控作用，研究其对绵羊生殖生理的调控机制。通过高通量技术对不同生理时期绵羊卵巢进行转录组测序，结合生物信息学获得差异lncRNA;利用顺式(cis)和反式(trans)关系探讨差异lncRNA靶基因，对靶基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)研究lncRNA表达模式。结果：试验成功构建了绵羊妊娠早期RNA文库，每个样品平均产出11.50 G数据，并且每个样品与基因组平均比对率为93.88%;试验共检测到23 219个差异基因，其中mRNA 418个，lncRNA 49个(已知17个，候选32个);对49个差异lncRNA通过cis和trans关系分析获得341个靶基因；GO和KEGG通路研究表明，5个lncRNA(LOC105612389、BGIG9940＿27655、RPS28、BGIG9940＿27548和BGIG9940＿27563)在妊娠期表达显著或极显著升高(P<0.05或P<0.01),均参与早期胎儿发育及相关调控过程；RT-qPCR结果表明，5个lncRNA基因表达量达到一定临界值时，预示该母羊已经妊娠。提示：5个lncRNA单独或联合使用有望作为早期妊娠检查的候选生物标志物，对绵羊早期妊娠诊断及提高经济效益具有十分重要的意义。