内江猪的遗传结构分析

摘要

旨在研究内江猪群体的亲缘关系和遗传结构。采用“中芯一号”芯片检测30头内江猪的单核苷酸多态性(SNP);采用GCTA软件构建G矩阵，PLINK软件构建状态同源(IBS)距离矩阵，分析内江猪群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析内江猪群体的遗传结构。结果：共检测到57 466个SNP位点，29 468个SNP位点通过质量控制；内江猪试验群体具有中等程度的亲缘关系；群体进化树将内江猪公猪被分为6个血缘，血缘数量与传统系谱记录的基本相同；基于连续性纯合片段(ROH)的平均近交系数为0.243。综上，内江猪血缘较少，有一定程度的近交，可引入新血缘，提高群体遗传多样性和种群质量。

关键词

内江猪 / SNP芯片 / 遗传结构

基金资助

国家重点研发计划项目(2021YFD1301101,2021YFD-1301104); 四川省重大科技专项(2021ZDZX0011,2021ZDZX0008); 四川省重点研发项目(2022YFN0047,2023YFN0088,2023YFN0002); 国家现代农业产业技术体系项目(CARS-35); 现代农业产业技术体系四川创新团队项目(sccxtd-2024-08); 省财政运行专项(SASA2024CZYX001); 天府农业大师项目(He zhiping-2022)