3株鸭腺病毒3型的分离鉴定与主要结构蛋白的生物信息学分析

摘要

旨在对鸭腺病毒3型(duck adenovirus 3, DAdV-3)广东流行株进行分离，并预测分析六邻体(Hexon),五邻体(Penton),纤维蛋白(Fiber1、Fiber2)4个主要结构蛋白的理化性质、结构及功能。本研究用鸡肝癌细胞(LMH)对疑似DAdV-3感染的鸭、鹅肝脏组织进行病毒分离，对3株病毒分离株主要结构蛋白进行基因克隆、测序、拼接，获得4个蛋白的核苷酸序列后，使用MEGA 11软件进行氨基酸序列分析并构建遗传进化树，利用Expasy-ProtParam与SOPMA软件分析4个蛋白的理化性质与二级结构，应用AlphaFold2软件预测4个蛋白的三级结构，并对4个蛋白的线性B细胞抗原表位进行预测。结果：成功分离得到3株DAdV-3,命名为XZD-2021株、FRK-2021株、825-1-2021株；3株DAdV-3的4个蛋白均与GenBank中其他DAdV-3分离株处于同一分支中；Hexon蛋白更接近鹅腺病毒4型，Penton蛋白更接近D种禽腺病毒，Fiber1、Fiber2蛋白则更接近鸽腺病毒1型；4个蛋白均为酸性亲水蛋白，无信号肽，Hexon、Fiber1、Fiber2蛋白以自由卷曲为主，Penton蛋白则以α螺旋为主；三级结构预测结果与二级结构结果相符，线性B细胞抗原表位预测发现，Hexon蛋白的线性B细胞抗原表位最多，为11个，Penton蛋白与Fiber2蛋白为6个，Fiber1蛋白为5个，但Fiber1蛋白位于病毒表面的抗原表位最多，表位长度较Fiber2更长，且多位于负责与宿主细胞受体结合的头节区。综上，本研究成功分离得到3株DAdV-3,并对其4个主要结构蛋白进行了遗传演化、二级结构、三级结构等生物学特性进行分析，研究结果为后续DAdV-3致病特性和免疫特性研究奠定基础。

关键词

鸭腺病毒 / 分离鉴定 / 遗传进化分析 / 生物信息学