2022年江苏省4种猪腹泻病毒分子流行病学调查

摘要

为了解江苏省猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪δ冠状病毒(PDCoV)、猪轮状病毒(PoRV)流行毒株的遗传变异趋势，采集了2022年江苏省不同猪场的病猪腹泻病料36份，使用RT-PCR方法分别检测PEDV、TGEV、PDCoV和PoRV感染情况，并对部分检测结果为阳性的PEDV、TGEV、PDCoV进行S基因扩增、测序和分析，对PoRV进行VP4、VP7基因扩增、测序和分析，共获得8个PESV S基因，1个TGEV S基因，1个PDCoV S基因，9个PoRV VP4及VP7基因序列。基于PEDV S基因的序列分析结果表明，2022年江苏PEDV流行毒株与我国2010年以来流行的GⅡ-b亚群变异株的序列同源性为97.0%～99.7%,属于同一亚群，而与CV777、SD-M等早期毒株亲缘关系较远；江苏PEDV流行毒株S1蛋白区域存在氨基酸的突变、插入及缺失，不同流行毒株之间存在一定的差异。基于TGEV S基因的序列分析结果表明，江苏TGEV流行毒株与中国毒株WH-1同源性最高，为99.9%;其S基因仅发生了3个氨基酸突变。基于PDCoV S基因的序列分析结果表明，江苏PDCoV流行毒株与CHN/HG/2017株的同源性最高，为98.2%,与来自中国、越南、老挝、泰国等东南亚国家的毒株亲缘关系较近，属于同一群；江苏PDCoV流行毒株的S1蛋白区域发生6个氨基酸的突变。基于PoRV VP4及VP7基因的序列分析结果表明，江苏PoRV流行毒株属于A群轮状病毒，具有G3[P13]型、G3[P23]型、G4[P13]型、G4[P23]型、G9[P13]型、G9[P23]和G11[P13]型7个不同的基因组合型。本研究结果为掌握江苏地区PEDV、TGEV、PDCoV、PoRV的流行情况、遗传进化趋势及其防控提供了理论依据。

关键词

猪流行性腹泻病毒 / 猪传染性胃肠炎病毒 / 猪δ冠状病毒 / 猪轮状病毒 / S基因 / VP4基因 / VP7基因

基金资助

江苏省农业科技自主创新资金项目[CX(21)2014]; 江苏现代农业产业体系建设项目(JATS[2022]361); 江苏省重点研发计划现代农业项目(BE2022348)