羊轮状病毒GS2023株NSP2基因克隆及序列分析

摘要

为研究羊轮状病毒NSP2蛋白的结构和功能，以羊轮状病毒GS2023株cDNA为模板对NSP2基因进行PCR扩增与克隆，并利用多种生物信息学分析预测软件分析NSP2的生物信息学特征。结果：NSP2基因的开放阅读框长度为954 bp,编码317个氨基酸；NSP2属于亲水性、稳定蛋白，不存在信号肽；亚细胞定位预测表明其主要定位于细胞质和细胞核中，属于非跨膜蛋白；该蛋白含有36个糖基化位点以及49个磷酸化位点；二级结构由α螺旋结构、延伸链和无规则卷曲构成，三级结构则呈自身首尾相连结构；NSP2蛋白与国内外轮状病毒株的氨基酸相似性为90.2%～98.7%;GS2023株与国内牛源轮状病毒株SCMY1和SCMY2氨基酸对比发现在第38位由赖氨酸突变为精氨酸，与国内多种羊源毒株和牛源毒株氨基酸对比发现在第100、202位分别由丝氨酸突变为天冬酰胺、由缬氨酸突变为异亮氨酸；系统发育进化树分析结果显示，GS2023株与国内牛源轮状病毒株遗传距离最近，与其他羊源轮状病毒遗传距离较远。本研究成功克隆羊轮状病毒NSP2基因并分析NSP2蛋白的生物学特征，为进一步研究NSP2蛋白的结构和功能提供理论参考。

关键词

羊 / 轮状病毒 / NSP2 / 序列分析 / 系统发育进化分析

基金资助

国家重点研发计划项目(2023YFD1801302,2023YFD1801301); 国家肉牛牦牛产业技术体系项目(CARS-37); 佛山大学高层次人才研究创业项目(CGZ07001)