福州市某规模化猪场3种腹泻病毒流行情况调查及猪流行性腹泻病毒S基因序列遗传变异分析

摘要

为了解福建地区致猪腹泻病病毒的流行现状和猪流行性腹泻病毒(PEDV)的变异情况，2023—2024年从福州市某疑似感染腹泻病毒的规模化猪场采集发病仔猪样品，经RT-PCR进行PEDV、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)核酸检测，并对PEDV阳性病料进行纤突蛋白(S)基因序列扩增和测序，进行遗传演化分析。结果：PEDV、TGEV和PoRV检出率分别为32.29%(31/96)、30.21%(29/96)和4.17%(4/96),其中PEDV和TGEV混合感染17份(17.71%),TGEV和PoRV混合感染1份(1.04%),PEDV、TGEV和PoRV三重混合感染1份(1.04%)。从10份PEDV阳性猪肠道组织样品中获得10株PEDV的S基因序列，全长3 753～4 179 bp,编码1 250～1 392 aa, 10株PEDV的S基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为94.9%～99.8%和83.8%～99.7%。S基因系统发育进化树结果表明，6株属于GⅠb亚型，4株属于GⅡb亚型，且4株PEDV的S基因为独立的一小分支。与经典毒株CV777的S基因序列相比，10株PEDV的S基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.6%～96.9%和83.9%～95.9%,存在23个保守氨基酸位点突变，在162 aa处缺失1个氨基酸(R),GⅠb亚型的6株PEDV S蛋白存在10个保守氨基酸位点突变；GⅡb亚型的4株PEDV S蛋白存在45个保守氨基酸位点突变，在59～62 aa处有4个氨基酸(QGVN)插入，163 aa处缺失1个氨基酸(D)。综上，福建某规模化猪场PEDV流行率较高，流行毒株基因型呈现多样性，说明流行株持续变异，临床上应予以高度重视。

关键词

猪流行性腹泻病毒 / 猪轮状病毒 / 猪传染性胃肠炎病毒 / 鉴定 / 序列分析 / 福州