牛源林氏棒状杆菌分离株LSKT01鉴定及全基因组测序

摘要

旨在分离鉴定疑似林氏棒状杆菌并分析其全基因组特征。采集新疆奎屯某奶牛场疑似病患牛组织样本，分离细菌，进行培养特性、生化特性、革兰染色、电镜观察，以及16S rRNA及烯酰辅酶A水合酶A8(ech A8)基因PCR鉴定;进一步对分离菌采用微量肉汤稀释法进行药物敏感性试验，以及Illumina TruSeq测序并进行基因组组装与注释相关生物信息学分析。结果:成功分离到1株棒状杆菌;经16S rRNA和echA8基因PCR鉴定为林氏棒状杆菌，16S rRNA基因测序结果与Gen Bank中株氏棒状杆菌相应序列的同源性达98.64%～99.86%;系统进化树结果显示，分离菌与林氏棒状杆菌在同一个进化分支上，亲缘关系最近，命名为LSKT01;药敏结果显示，分离菌对万古霉素、庆大霉素、利奈唑胺、四环素、多西环素高度敏感，对红霉素、青霉素、利福平表现中介，对克林霉素、莫西沙星、环丙沙星、头孢噻肟、头孢曲松表现耐药;测序结果表明，分离株LSKT01的全基因组大小为2 608 509 bp，平均G+C含量为58.81%;预测到的编码基因有2 482个，含有52个tRNA,1个5S rRNA,1个16S rRNA,1个23S rRNA,1个规律成簇间隔短回文重复序列相关蛋白(CRISPR-Cas)及15个前噬菌体。运用同源蛋白质群(COG)、基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)、非冗余蛋白质(NR)、瑞士蛋白质序列(Swiss-Prot)等数据库，对编码基因进行基因功能比对注释，分别注释到2 033、846、1 353、2 419、1 513个基因。综上，本试验分离鉴定出1株林氏棒状杆菌并揭示了其基因组特征。

关键词

林氏棒状杆菌 / 全基因组测序 / 药物敏感性