基于SNP芯片揭示安庆六白猪遗传多样性和选择特征

摘要

为了解安庆六白猪和长白猪群体遗传多样性、群体结构和选择差异，本研究基于基因组单核苷酸多态性（SNP）位点信息，评估2个群体的多态性位点比（P_N）、观测杂合度（H_O）、期望杂合度（H_E）和次等位基因频率（MAF），并联合群体遗传分化指数(F_ST)和核苷酸多样性比值（θ_πratio）鉴定2个群体的选择差异。结果:安庆六白猪和长白猪的P_N分别为0.897 5和0.836 9,H_O分别为0.349 9和0.333 8,H_E分别为0.336 2和0.327 0,MAF分别为0.251 2和0.245 8，安庆六白猪的遗传多样性高于长白猪群体;系统发育树和主成分分析表明，2个品种群体遗传背景存在明显的群体分化;联合F_ST和θ_πratio选择信号分析结果，共筛选到540个选择区域，占基因组大小的0.104 1%，包含59个候选基因;通过基因功能富集分析，进一步筛选出利钠肽受体2（NPR2）、膜联蛋白A11（ANXA11）和核受体共激活因子6（NCOA6）基因可能与繁殖相关，肌球蛋白轻链9（MYL9）和蛋白O-岩藻糖基转移酶1（POFUT1）基因可能与肌肉生长发育相关，脂滴相关水解酶（LDAH）、羟酸氧化酶1（HAO1）、神经蛋白（NNAT）和肿瘤蛋白p53诱导核蛋白（TP53INP2）基因可能与脂肪沉积相关。本研究结果为安庆六白猪种质资源保护和开发利用奠定了理论基础。

关键词

安庆六白猪 / 长白猪 / 遗传多样性 / 群体结构 / 选择信号

基金资助

安徽省财政农业种质资源保护与利用资金项目; 安徽省教育厅高校科学研究项目重点项目(KJ2021A0869); 安徽省生猪产业技术体系项目(AHCYJSTX-05-12,AHCYJSTX-05-23); 安徽省科技特派团项目; 安徽省学术和技术带头人后备人选项目(2022H300)