基于网络药理、分子对接和分子动力学模拟探讨蛇床子治疗牙周炎伴骨质疏松的作用机制

摘要

目的 联合使用网络药理学、分子对接和分子动力学模拟技术探讨蛇床子治疗牙周炎伴骨质疏松的活性成分及潜在靶点，并探讨其可能的作用机制。方法 通过TCMSP数据库、SwissTargetPrediction数据库并结合文献报道筛选蛇床子的主要化学成分及作用靶点；采用多种数据库预测牙周炎和骨质疏松的作用靶点；利用Venny 2.1获取蛇床子与牙周炎和骨质疏松的交集靶点；采用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络（PPI）图并使用Cytoscape 3.9.1软件构建活性成分-交集靶点网络，对其进行拓扑分析筛选关键靶点和核心活性成分；基于Metascape平台对交集靶点进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；选取节度点（degree）值排名前5位的核心靶点和核心活性成分，使用Discovery Studio 2019软件对配体和受体进行分子对接，并将结果可视化；使用Gromacs2022.3进行分子动力学模拟，以评估核心活性成分和关键靶点之间相互作用的稳定性。结果 筛选得到蛇床子的20个潜在活性成分，蛇床子治疗牙周炎伴骨质疏松的作用靶点116个；对116个交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析发现，蛇床子可能通过磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶、晚期糖基化终产物-糖基化终末产物受体等信号通路发挥治疗作用；分子对接结果发现核心活性成分与关键靶点能够较好地结合，分子动力学模拟进一步验证了香叶木素-AKT1复合体稳定性。结论 本研究揭示蛇床子通过多成分、多靶点、多途径的特点治疗牙周炎伴骨质疏松的潜在分子药理机制，为后续药物开发研究及临床应用提供理论基础。

关键词

蛇床子 / 牙周炎 / 骨质疏松 / 网络药理学 / 分子对接 / 分子动力学模拟

基金资助

河南省科技攻关项目（242102310376,232102310320）; 河南省教育厅高等学校重点项目（21A320004）; 河南省开封市科技攻关项目（2203015）; 河南大学口腔医学院青年科研基金（HUSSYS2024005）; 山西大学医学分子细胞生物学山西省重点实验室开放课题（MMCBOP-2023-03）