软枣猕猴桃细菌性溃疡病菌基因组测序与分析

摘要

[目的]为丰富软枣猕猴桃细菌性溃疡病菌Pseudomonas syringae pv. actinidiae基因组数据并挖掘其致病基因，明确P. syringae pv. actinidiae不同生物型菌株之间的基因组差异。[方法]采用二代Illumina和三代PacBio结合的测序技术对病原菌进行全基因组测序与组装，对编码基因进行功能注释，并与P. syringae pv. actinidiae不同生物型菌株进行比较基因组分析。[结果]菌株Dg16染色体大小为6 358 229 bp,GC比为58.67%；两个质粒大小分别为38 055 bp和50 260 bp,GC比为55.10%和60.45%；共预测到5 374个编码基因，在Nr、KEGG、COG、GO数据库分别注释到5 366个、2 956个、3 958个、4 305个基因，在PHI数据库注释到1240个基因，774个基因在碳水化合物活性酶数据库得到注释，分泌蛋白450个，分泌系统效应蛋白72个，35对双组分系统蛋白，282个毒力基因。4株生物型菌株基因组大小及编码基因数量相近，基因组中包含大量同源基因，但存在较多易位、倒置和基因组变异现象；Dg16、ICMP＿9853、MAFF212063和Shaanxi＿M228特有基因家族数分别为179个、184个、298个和400个，特有基因数分别为185个、234个、346个和448个，4株菌株共有核心基因4 291个，泛基因6 354个。[结论]获得软枣猕猴桃细菌性溃疡病菌P.syringae pv. actinidiae biovar 2的完整基因组，挖掘出潜在致病基因，明确了不同生物型菌株间的亲缘关系，为后续开展病原菌与寄主互作机制提供科学依据。

关键词

软枣猕猴桃细菌性溃疡菌 / 生物型 / 全基因组测序 / 比较基因组学 / 基因家族分析