基于全基因组重测序的“松粳”系列水稻品种及其亲本的遗传关系分析

摘要

[目的]对已育成优异品种的遗传多样性分析能够更加深入地了解品种选育过程及品种间的遗传差异，为指导分子育种实践提供更多具有参考价值的多样性数据和育种策略支持。[方法]通过全基因组重测序技术分析了黑龙江省第一积温区“松粳”系列优异水稻品种及其关联的优异亲本或衍生品种，利用单核苷酸多样性数据构建了系统发育树并计算了遗传距离。[结果]群体测序共获得SNP位点2 908 684个，InDel位点685 321个。品种间SNP差异分析显示五优稻A与东农V4、松粳13号、吉粳88号及五优稻4号之间，SNP差异均大于60万个，但松粳6号与五优稻3号间仅有125 603个SNP。进化树结果显示五优稻4号、松粳22聚为一个类群，五优稻1号与松98-131、松粳8号、松粳9号及松粳16号聚为一个类群，具有较近的亲缘关系。遗传距离分析表明五优稻A与其他品种间的遗传距离较远，其中与松粳13号的遗传距离最远为0.219 1。五优稻3号与松粳6号遗传距离最近，仅为0.002 6。[结论]差异分析或聚类分析可以检测个体的亲缘关系远近，制定育种计划时应优先考虑亲缘关系较远的亲本进行杂交组配，以获得更多样性的分离后代，从而选育出优异新品种。

关键词

水稻 / 重测序 / 遗传多样性 / 系统发育树 / 遗传距离