辽宁省甜椒内源RNA病毒的鉴定、基因组全长序列扩增及系统进化分析

摘要

[目的]从辽宁省沈阳市采集疑似病毒侵染的辣椒样本，通过小RNA深度测序技术检测出样品含有甜椒内源RNA病毒(Bell Pepper Alphaendornavirus, BPEV)，命名为BPEV-Liaoning(BPEV-LN)。对其内源RNA病毒的鉴定、基因组全长序列扩增及系统进化分析。[方法]利用逆转录聚合酶链式反应(Reverse Transcription-polymerase Chain Reaction, RT-PCR)方法，对BPEV-LN基因组进行分段扩增，最终获得14 728 bp的全长序列(GenBank登录号：PP842643)。[结果]核苷酸序列同源性分析表明，BPEV-LN与来自新疆的分离物BPEV-XJ(MH182675.1)同源性最高，为99.21%。进化树分析结果表明，BPEV-LN与BPEV-XJ分离物聚为一支，其亲缘关系最近。此外，根据BPEV的RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA Polymerase, RdRp)序列设计检测引物，对同一地点采集到的疑似病毒侵染的19份辣椒样本进行检测，其中17份检出BPEV。[结论]首次在辽宁省鉴定到BPEV，获得了BPEV-LN的基因组全长序列，并建立了RT-PCR检测方法，为BPEV的溯源和防控提供了理论依据，也为BPEV的鉴定和检测提供了技术支持。

关键词

辣椒 / 甜椒内源RNA病毒 / 基因组全长序列 / 系统进化分析 / 检测方法

基金资助

辽宁省“兴辽英才计划”青年拔尖人才项目（XLYC2403167）