湖羊lncRNA-269的鉴定及转录调控分析

摘要

[目的]本文旨在研究湖羊长链非编码RNA-269(long no-coding RNA-269,lncRNA-269)序列特征、表达模式和转录调控，为后续开展lncRNA-269的功能研究提供理论基础。[方法]以湖羊为研究对象，采用5′/3′RACE结合PCR扩增方法获得其序列全长，利用RT-qPCR方法鉴定其在湖羊组织中的表达模式，并利用PCR方法扩增其启动子区，鉴定其启动子区特征，分析其转录调控情况。[结果]湖羊lncRNA-269全长3 146 bp,组织表达谱显示其在湖羊各组织中广泛表达，且在健康卵泡中显著高表达，其表达水平与NR5A1 mRNA水平和血清中雌二醇(E_2)水平呈正相关。荧光素酶活性分析发现在lncRNA-269启动子区的-359～-17 nt有1个转录激活基序，在-1 485～-942 nt有1个转录抑制基序。JASPAR软件预测发现在lncRNA-269转录抑制启动子区域存在FOXO3、PDX1等转录因子结合位点，在转录激活区域有SMAD4、YY1等转录因子结合位点。过表达SMAD4可显著提升lncRNA-269启动子区荧光素酶活性，染色质免疫沉淀(ChIP)-PCR试验进一步确认了SMAD4特异性与lncRNA-269启动子区结合。[结论]湖羊lncRNA-269在健康卵泡中显著高表达，其启动子区存在一个转录激活区域和一个转录抑制区域，转录因子SMAD4可通过与lncRNA-269启动子区结合显著上调lncRNA-269的启动子活性。

关键词

湖羊 / 卵巢卵泡 / lncRNA-269 / 5′/3′RACE / 染色质免疫沉淀(ChIP)