热应激对羊成肌细胞部分miRNA的影响及其生物信息学分析与靶基因预测

摘要

[目的]本文旨在探究热应激对羊成肌细胞部分miRNA的影响，并对miR-23a、miR-24、miR-27a-3p和miR-30a-5p进行生物信息学分析与靶基因预测，揭示热应激下miRNA影响骨骼肌发育的调控机制。[方法]通过RT-qPCR技术研究热应激对羊成肌细胞miRNA表达量的影响；利用miRBase数据库获取不同物种中miR-23a、miR-24、miR-27a-3p和miR-30a-5p的前体序列和成熟序列，并利用MEGA X软件构建系统进化树进行相似性分析；通过TargetScan、miRDB、RNA22、miRWalk对上述miRNA进行靶基因预测，使用DAVID对预测出的共同靶基因进行GO功能与KEGG通路富集分析，最后进行miRNA、共同靶基因与KEGG通路的关联分析。[结果]热应激显著下调羊成肌细胞在增殖阶段与分化阶段miRNA的表达。miR-23a、miR-24、miR-27a和miR-30a在不同物种间的保守性较高，除了牛的miR-24以外，成熟序列基本相同，种子序列完全一致。预测出的共同靶基因主要富集在细胞增殖、分化、周期、凋亡、迁移等GO条目，以及mTOR、TGFβ、MAPK、Ras、ErbB、FoxO和PI3K-Akt等KEGG通路。关联分析表明miR-24和miR-27a-3p可能靶向NLK和TAOK1以参与MAPK和FoxO信号通路来调控骨骼肌的发育。[结论]miR-23a、miR-24、miR-27a和miR-30a在不同物种中保守性较高，热应激下调羊成肌细胞部分miRNA的表达，可能影响骨骼肌的发育。

关键词

热应激 / 成肌细胞 / miRNA / 生物信息学 / 靶基因

基金资助

国家自然科学基金项目(32172725); 江苏现代农业产业技术体系建设专项资金(JATS[2022]145)