禾本科植物内生真菌研究22:Epichlo?festucae E2368基因组中非核糖体肽合成酶编码基因的挖掘与分析

摘要

[目的]Epichlo3内生真菌能够产生抵御牲畜和害虫啃食的生物碱，其中部分生物碱由非核糖体肽合成酶(non-ribosomal peptide synthetase, NRPS)合成。本研究旨在分析E.festucae基因组内的NRPS编码基因，并预测其功能。[方法]以E.festucae E2368菌株基因组数据为对象，综合运用HMMER和全局比对等分析方法以及ClustScan、PKS/NRPS Analysis和NCBI等数据库进行信息比对。[结果]E2368基因组中含有至少19个候选NRPS基因，其中11个未在Epichlo3内生真菌中报道。序列比对结果表明候选基因均为子囊菌中已报道的序列，但其中8个基因的功能未知；E2368基因组中存在环孢菌素合成酶基因扩增现象。构建候选NRPS基因所有A结构域氨基酸序列发育树，发现不同NRPS基因的A结构域会聚到同一分枝，而相同NRPS基因的A结构域则分散于不同分枝，说明采用简并引物扩增NRPS基因存在一定的局限性。[结论]对E2368基因组中NRPS基因的挖掘，将有助于解析NRPS基因的多样性，促进对新的天然产物的发现和生物合成途径的认识。

关键词

NRPS数据库 / 基因挖掘 / 生物碱 / 类似度分析 / 禾本科植物内生真菌