7株奶牛源牛支原体中国分离株的比较基因组学分析

摘要

[目的]本文旨在利用高通量测序技术结合生物信息学方法探究中国部分地区奶牛源牛支原体分离株的基因组多样性和遗传相关性。[方法]通过PCR、测序等技术对中国6个省(自治区)奶牛临床样本进行牛支原体的分离鉴定。结合从NCBI数据库中获取的28株牛支原体基因组，运用生物信息学技术对分离株进行泛基因组分析和系统发育、毒力基因及耐药基因分析。[结果]共分离到7株牛支原体，命名为P-MB1—P-MB7。分离株的基因组全长范围为920～970 kb;含有882～927个编码基因。泛基因组分析结果显示，以上菌株的基因组中共含有2 833个基因，核心基因数为474,占比16.7%。核心基因组的系统进化和多位点序列分型(MLST)显示，国内分离株多属于Ⅰ群，ST-52型。毒力基因预测表明，不同分离株均携带7个毒力因子相关基因，涉及黏附、酶、细胞毒性等。此外，共检测到13个耐药基因，其中头孢菌素类和艾法霉素类耐药基因IreK和EF-Tu的携带率最高(100%)。[结论]本研究结果进一步丰富了国内牛支原体流行株的基因组结构、组成和进化信息，也为未来牛支原体适应性进化机制的研究提供了遗传背景资料。

关键词

牛支原体 / 分离鉴定 / 全基因组学 / 系统进化分群 / 毒力基因 / 耐药基因