白头翁转录组特征与SSR标记开发

摘要

[目的]本文基于白头翁转录组开发SSR分子标记，旨在应用于燕山地区白头翁种质资源遗传多样性分析。[方法]利用高通量测序技术，构建白头翁转录组数据库;利用MISA软件从白头翁转录组筛选SSR位点，开发SSR标记，并应用于燕山地区24份白头翁种质资源遗传多样性分析。[结果]共获得65 799条白头翁转录组Unigene，平均长度805.14 bp;通过BLASTx分析其与GO、KEGG、Egg NOG、Nr、Swiss Prot和Pfam数据库进行比对，注释Unigene数量分别为25 602条(38.91%)、11 774条(17.89%)、24 431条(37.13%)、30 389条(46.18%)、22 001条(33.44%)和21 880条(33.25%)。从白头翁转录组中搜索到8 657个SSR位点，分布在10 726条Unigene上，SSR发生率为13.16%，其中单核苷酸重复单元最多，占44.53%，以A/T为主。挖掘16对多态性引物，共扩增出97条条带，多态率达91.01%，多态性信息量指数(PIC)>0.5的引物占93.75%。利用UPGMA法将燕山地区24份白头翁种质资源划分为2个类群。[结论]白头翁转录组中SSR位点发生率和多态性高，可为白头翁种质资源分析与分子鉴定提供大量候选标记。

关键词

白头翁 / 转录组 / SSR标记 / 遗传多样性

基金资助

河北省重点研发计划项目(20322504D)