基于SNP位点解析中国东南沿海黄鳍棘鲷对4种环境因子的适应性

摘要

本研究基于单核苷酸多态性(SNP)位点,解析了黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus)对4种环境因子(温度、盐度、pH和溶解氧)的适应性机制。通过对10个地理群体99个个体的2b-RAD测序,共得到81044个高质量SNP位点,并结合采样海域的环境因子数据进行了基因组关联分析(GWAS)。结果显示,与温度、盐度、pH和溶解氧显著相关的SNP位点分别为275、274、344和266个。这些位点上的基因GO富集到3大分类的结果相同,主要富集在细胞过程、细胞和细胞部分以及结合等条目中,涉及细胞周期、代谢、免疫反应等重要功能。KEGG注释结果显示,与4种环境因子显著相关的基因在有机系统和环境信息处理这两个分类上富集到的条目最多,富集到其余3个分类中条目较少。此外与多种环境因子相关的基因在轴突引导、GnRH分泌、神经活性配体-受体相互作用等通路中显著富集,说明这些与环境因子相关的基因并不是孤立发挥作用,而是组成了复杂的基因调控网络。本研究不仅揭示了黄鳍棘鲷不同地理群体对环境因子的潜在适应性机制,还为海洋鱼类的本地适应性研究提供了新的视角,为黄鳍棘鲷的生态保护和渔业资源管理提供了科学依据。

关键词

SNP / 环境因子 / 本地适应性 / 黄鳍棘鲷