尖鳍鮈线粒体全基因组的测定及鮈亚科系统发育分析

摘要

为了解尖鳍鮈(Gobio acutipinnatus)线粒体基因组特征及其在鮈亚科(Gobioninae)中的系统发育地位,本研究测定了尖鳍鮈的线粒体全基因组,分析了其线粒体基因组结构特征,并基于13个蛋白编码基因的核苷酸序列数据,构建了鮈亚科分子系统发育树。结果表明,尖鳍鮈线粒体基因组全长为16608 bp,由13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因、1个非编码区及1个OL区组成;碱基组成显示AT偏好性(A+T含量54.90%);其中蛋白编码基因nad6及8个tRNA基因(trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY、trnS2、trnE和trnP)位于轻链,其余28个基因均位于重链;在22个tRNA基因中,仅trnS1的二级结构缺失DHU臂,其余tRNA均形成典型三叶草型二级结构,共检测到57个非标准G-U错配。基于13个蛋白编码基因构建系统发育树显示:蛇鮈属(Saurogobio)嵌入在鮈属内部,并与中鮈属(Mesogobio)和刺鮈属(Acanthogobio)形成一个分支。尖鳍鮈(Gobio acutipinnatus)与Gobio occitaniae、犬首鮈(Gobio cynocephalus)、Gobio lozanoi、大头鮈(Gobio macrocephalus)、高体鮈(Gobio soldatovi)、鮈(Gobio gobio)等鮈属物种聚为一支。本研究阐明了尖鳍鮈完整的线粒体基因组的结构特征,明确了其系统发育位置,为理解该物种在鮈属及鮈亚科中的分类关系提供了关键分子证据。

关键词

线粒体基因组 / 基因测序 / 系统发育分析 / 尖鳍鮈