基于全基因组测序的黑鲷自体受精子代遗传纯合性与基因鉴定分析

摘要

为研究黑鲷自体受精子代的遗传信息变化,采用全基因组重测序分析了3个黑鲷自体受精子代家系群体（BP246、BP291及BP384）的单核苷酸多态性（SNP）及遗传纯合等情况。3个群体共鉴定出3991267个SNP多态位点,其中位于内含子区位点占比最大（47.42%）;子代平均纯合位点占比（69.11%）显著高于亲本（38.49%）;BP246、BP291及BP384的观测杂合度（H_o）依次分别为0.2986、0.2875及0.2805,均低于各自的期望杂合度（H_e）0.3947、0.3946及0.3946;分析遗传分化指数(F_st)、主成分聚类及系统发育树结果得出子代群体间存在较高遗传分化;群体中共检测出10991个连续纯合片段（ROH）,其中<1 Mb短片段占52.5%,>2.5 Mb长片段占9.4%;于5个染色体中检测、鉴定出13个ROH岛,注释出到468个基因,其中显著富集到64个可能与生长、免疫等关键性状相关的候选基因,主要分布于钙信号（CACNA1S）、能量代谢（AMPD、ADCY5/6）、DNA修复（RAD18）及免疫调节（PIK3CA＿B＿D）等通路。研究结果为黑鲷育种策略的精细化构建及自交遗传学研究等提供科学依据。

关键词

黑鲷 / 自体受精 / 全基因组重测序 / SNP / 连续纯合片段