凡纳滨对虾肠道及其养殖环境的细菌群落结构研究

摘要

为探究温室大棚池塘养殖条件下凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道与养殖环境中细菌群落之间的关系,采用Illumina Miseq高通量测序方法,对凡纳滨对虾肠道、养殖水体及底泥细菌的16S rRNA基因2个高变区(V3—V4)进行测序分析.结果显示,凡纳滨对虾肠道与养殖环境中的细菌分布于62门175纲381目631科1 141属2 035种.根据测序结果,对虾肠道中变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)和绿弯菌门(Chloroflexi)为优势菌门,平均占比分别为33.67%, 25.33%和12.77%;养殖水体中的优势菌门为放线菌门、蓝细菌门(Cyanobacteria)和变形菌门,平均占比分别为29.33%,27.0%和21.33%;底泥中的优势菌门为变形菌门、绿弯菌门和厚壁菌门(Firmicutes),平均占比分别为28.33%, 17.33%和11.13%.对虾肠道、水体和底泥的细菌群落在部分指标上存在明显差异,如底泥菌群的ACE(Abundance-based Coverage Estimator)指数和Chao指数最高,对虾肠道菌群次之,水体菌群最低;对虾肠道菌群的丰富度与水体菌群相似,均高于底泥菌群; Shannon指数上,对虾肠道菌群高于水体菌群,但低于底泥菌群; Simpson指数上,对虾肠道菌群高于底泥菌群,但低于水体菌群.在操作分类单元水平上,对虾肠道和底泥中检测到1 492个相同单元,对虾肠道和水体中检测到588个相同单元.系统聚类分析和主坐标分析结果显示,对虾肠道和底泥的细菌群落结构较为相似.本研究揭示了凡纳滨对虾肠道细菌生态结构与养殖环境的相关性,为其科学养殖提供了数据支撑.

关键词

凡纳滨对虾 / 高通量测序 / 细菌群落 / 16S rRNA