基于TCGA和ICGC数据库的肝细胞癌血管生成相关基因预后风险模型的建立

摘要

目的：基于血管生成相关基因（Angiogenesis-related genes,ARGs）构建肝细胞癌（Hepatocellular carcinoma,HCC）患者预后风险模型，为肝癌的预后和治疗提供策略。方法：从TGGA数据库下载50例正常肝组织和374例HCC组织样本的表达谱和对应的临床信息，同时从ICGC数据库下载48例正常肝组织和294例HCC组织样本的表达谱和临床信息。从Harmonizome和MSigDB数据库共收集到225个ARGs作为基因集，DESeq2包筛选出差异表达基因（Differential expression genes,DEGs）。利用单因素Cox回归分析确定对患者生存预后相关基因构建预后风险模型并应用ROC曲线评估模型对于HCC患者预后的预测能力。结果：从Harmonizome和MSigDB数据库的相关通路中共筛选出225个ARGs，其中137个ARGs在TCGA-LIHC和ICGC-LIHC数据集中均表达。对2个数据集ARGs进行单因素Cox回归分析，得到11个预后相关基因（F7、NARS、EMCN、SLCO2A1、EGF、ITGAV、KDR、PTPRB、SPP1、ANGPT2、BIRC5），高风险组患者的OS明显低于低风险组（P<0.05）。在TCGA-LIHC数据集和ICGC-LIHC数据集中，11个预后相关基因均与肝癌患者的预后相关（P<0.05），其中ANGPT2、BIRC5、EGF、ITGAV、SPP1和NARS高表达者预后更差，SLCO2A1、EMCN、F7、KDR和PTPRB低表达者预后更差。在GSE116174中，4个预后相关基因与肝癌患者预后相关（P<0.05），其中ANGPT2、BIRC5和SPP1高表达者预后更差，SLCO2A1低表达者预后更差。在GSE14520中，7个预后相关基因与肝癌患者预后相关（P<0.05），其中ANGPT2、EGF和SPP1高表达者预后更差，F7、SLCO2A1、KDR和PTPRB低表达者预后更差。结论：基于TCGA和ICGC数据库筛选到11个预后相关基因，可作为肝癌研究的潜在靶点。

关键词

肝细胞癌 / 基因 / 血管生成 / 预测模型 / 风险评分