铁死亡相关基因在头颈癌中的表达及临床意义

摘要

采用生物信息学方法探索与头颈鳞状细胞癌（headandnecksquamouscellcarcinoma,HNSCC）组织中铁死亡相关的基因，并探讨其与免疫细胞浸润及患者预后的相关性，为HNSCC患者提供新的分子靶点。通过GEO数据库检索筛选得到基因微阵列数据集GSE228393，对GSE228393数据集进行GEO2R分析获得差异表达基因；通过TCGA获取HNSCC的高通量测序数据，利用R语言进行差异分析，利用FerrDb数据库检索得到铁死亡相关基因与GSE228393及TCGA数据库差异基因取交集，对交集基因进行GO与KEGG功能富集分析获取相关信号通路，并进行蛋白互作分析、生存分析以及免疫浸润分析。结果表明，有6个铁死亡相关基因FADS1、CA9、PDK4、IDO1、NOX4、AR在数据集中差异表达，且与HNSCC患者的总生存期（overall survival,OS）及免疫细胞浸润密切相关；功能富集分析表明基因功能主要富集在细胞程序性死亡的正向调控；KEGG通路主要富集在HIF-1信号通路；差异表达的基因在HNSCC中有一定突变率。基于肿瘤生物信息学的分析发现，铁死亡相关基因在HNSCC组织中的表达水平与正常组织有差异，且表达水平与免疫细胞浸润及肿瘤预后具有相关性，可作为HNSCC预后标志物以及基因治疗靶点。

关键词

HNSCC / 生物信息学 / 免疫浸润 / 铁死亡 / 公共数据库