基于孟德尔随机化分析确定与静脉曲张具有潜在因果关系的基因研究

摘要

目的 采取基于汇总数据的孟德尔随机化分析的方法，筛选与静脉曲张（VV）具有多效性或潜在因果关系的基因。方法 采用基于汇总数据的孟德尔随机化（SMR）方法，结合VV全基因组关联研究（GWAS）和表达数量性状位点（eQTL）数据，鉴定与VV具有多效性或潜在因果关系的基因。研究分别使用eQTLGene eQTL数据、CAGE eQTL数据和GTEx eQTL数据进行SMR分析，并进行GO和KEGG富集分析，以及蛋白—蛋白相互作用（PPI）分析和筛选核心基因。结果 本研究利用eQTLGene eQTL数据进行SMR工筛选出203个基因；利用CAGE eQTL数据进行SMR工筛选出129个基因；利用GTEx eQTL数据进行SMR工筛选出90个基因，再将所得基因取交集得到26个基因，其中LSM4(ENSG00000130520;β=0.1860;SE=0.0342;P_SMR=5.15×10^-8)、HSPA4(ENSG00000170606;β=0.1984;SE=0.0371;P_SMR=9.19×10^-8)、IGHMBP2(ENSG00000132740;β=0.0637;SE=0.0138;P_SMR=3.80×10^-6)位于前三位。GO功能富集分析获得127个生物学过程（BP）、7个细胞成分（CC）以及27个分子功能（MF）。KEGG富集分析获得7条信号通路。PPI分析获得19个基因节点，核心基因筛选获得前10位核心基因网络图。结论 确定了26个最可能和VV具有多效性/潜在因果关系的基因位点。本研究结果为更好地理解遗传因素对VV的影响提供了重要的线索。

关键词

孟德尔随机化 / SMR / 静脉曲张 / 深静脉血栓 / GWAS / QTL

基金资助

国家自然科学基金(81970208); 淮南市指导性科技计划项目(2022174)