基于结肠癌淋巴转移关键基因构建与免疫相关的风险预测模型

摘要

目的 探索与结肠癌淋巴转移相关的基因并研究其与预后的关系。方法 从癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库下载结肠癌数据(COAD),用R软件筛选与淋巴转移相关的差异基因，通过构建蛋白质相互作用(PPI)网络确定关键基因，再通过富集分析，套索(lasso)逻辑回归分析确定最相关的基因并构建风险预测模型。用Kaplan-Meier曲线评价风险模型的准确性。计算每个样本风险评分，根据中位数分为高危组和低危组，观察并比较高、低危组生存率、免疫微环境、免疫细胞和免疫检查点。结果 COAD与淋巴转移相关的差异基因有186个，其中上调的有163个，下调的有23个。PPI网络鉴定出24个枢纽基因。LASSO逻辑回归分析确定了4个最相关的基因(CACNB1、KCNQ2、RYR2、SCNN1B)和系数。Kaplan-Meier曲线表明构建的风险评估模型低危组的生存比例高于高危组，差异具有统计学意义(P<0.01)。高危组的肿瘤基质评分和ESTIMATE评分均高于低危组，差异具有统计学意义(P<0.05)。PD-1、PD-L1、PD-L2在高危组表达量高于低危组，差异具有统计学意义(P<0.05)。结论 与结肠癌淋巴转移相关的4个基因(CACNB1、KCNQ2、RYR2、SCNN1B)所构建的风险预测模型，能较好地区分结肠癌进展和死亡风险高的患者。PD-1、PD-L1及PD-L2在高风险组表达明显增高，为靶向阻止结肠癌进展及改善患者预后提供新的方向。

关键词

结肠癌 / 淋巴转移 / 免疫检查点 / 关键基因 / 风险预测模型

基金资助

2024年度蚌埠市科技创新指导类项目(2024ZD0033)