结直肠癌中环状RNA介导竞争性内源RNA网络及预后价值研究

摘要

目的 旨在通过对结直肠癌(Colorectal cancer, CRC)中circRNA、miRNA和mRNA的表达谱数据进行差异表达分析，探讨circRNA在结直肠癌中的竞争性内源性RNA(ceRNA)机制、潜在生物学功能及预后关联生物标志物。方法 采用生物信息学分析方法，从GEO和TCGA数据库获取相关数据集，使用R语言进行数据处理及分析，筛选出具有差异表达的circRNA、miRNA和mRNA并构建ceRNA网络，对网络中关键节点枢纽基因进行GO功能富集、KEGG通路及生存分析。结果 在CRC中有55个circRNAs、31个miRNAs和677个mRNAs呈现出差异表达，通过预测circRNA与miRNA的结合位点以及miRNA靶基因，构建一个由6个circRNAs、5个miRNAs和15个mRNAs组成的ceRNA网络，对网络枢纽基因进行GO和KEGG分析，结果显示在跨膜受体蛋白酶活性以及miRNA与癌症的信号通路方面富集，生存分析结果显示有2个枢纽基因与CRC患者的总生存显著相关，从而明确与生存相关的ceRNA子网络并强调其作为生物标志物的潜能。结论 构建由circRNA介导的竞争性内源性RNA调控网络框架，并确定与CRC预后有显著关联的枢纽基因，可为临床应用提供了潜在的预后生物标志物。

关键词

结直肠癌 / 环状RNA / 竞争性内源RNA / 核心基因网络 / 生物标志物

基金资助

毕节市科技局科学技术联合基金项目(毕科联合字SY[2019]3号); 贵州省卫生健康委科学技术基金项目(gzwjkj2019-1-103)