基于蛋白质组学及生物信息学探究与磷酸甘油酸激酶1琥珀酰化修饰相互作用蛋白

摘要

目的 通过蛋白质组学及生物信息学探究在三阴性乳腺癌细胞(TNBC)中与磷酸甘油酸激酶1(PGK1)琥珀酰化相互作用的蛋白。方法 通过Flag bead捕获与PGK1相互作用的蛋白，联合蛋白质组学和生物信息学对捕获蛋白进行系统分析，获取可能与PGK1相互作用的蛋白。结果 将Flag bead捕获蛋白进行质谱检测，鉴定出5390个蛋白与PGK1相互作用；将5390个蛋白进行肽段质控数据分析，发现大部分肽段分布在7～20个氨基酸区间；经基因本体论(Gene Ontology, GO)和亚细胞结构定位(Subcellular localization)分析，大多蛋白参与细胞组成、分子功能和生物学功能且1529个蛋白存在细胞质中；将参与生物学功能的蛋白进行系统分析，发现大多蛋白参与糖酵解途径和三羧酸(TCA)循环；PPI数据网络分析发现PGK1可能与线粒体中MDH2和ATP5F1A存在相互作用。结论 在TNBC细胞中PGK1琥珀酰化修饰可能与MDH2和ATP5F1A蛋白相互作用，提示PGK1琥珀酰化修饰可能参与线粒体氧化磷酸化。

关键词

磷酸甘油酸激酶 / 蛋白质组学 / 生物信息学 / 线粒体氧化磷酸化

基金资助

国家自然科学基金资助项目（81972491）; 黑龙江省自然科学基金资助项目（H2022H108）; 黑龙江省博士后面上基金资助项目（LBH-Z22295）; 齐齐哈尔医学院研究生创新基金资助项目（QYYCX2022-17）