甲状腺癌细胞周期相关长链非编码RNA预后特征的构建及机制分析

摘要

目的 构建预测甲状腺癌(TC)的细胞周期相关lncRNA预后特征(CCRLSig)并探讨其预后价值及机制。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)和分子特征数据库(MSigDB)中分别下载TC的表达谱数据和细胞周期相关基因，通过Pearson相关性分析鉴定细胞周期相关lncRNAs(CCR-lncRNAs),根据单因素Cox和LASSO-Cox回归分析构建用于预测TC预后的细胞周期相关lncRNA特征(CCRLSig),采用Kaplan-Meier生存曲线和时间依赖的受试者工作特征曲线(ROC)验证该特征预后能力，通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析探讨该特征影响预后的潜在机制，用xCell分析该预后特征与免疫细胞浸润之间的关系。结果 成功构建了一个包含8个CCR-lncRNAs(DIO3OS、FGF10-AS1、PARAL1、LINC01705、FAM181-AS1、DPP4-DT、TMEM44-AS2和LRRK2-DT)的预后特征用于预测TC的预后，Kaplan-Meier生存分析显示低风险组较高风险组具有一个较好的预后(P<0.05),ROC曲线表明该特征具有良好的预后能力，功能富集分析表明该特征通过细胞周期和免疫相关途径影响TC的进展，免疫浸润分析表明该特征的风险评分与多种免疫细胞浸润密切相关。结论 本研究构建的CCRLSig能够有效地预测TC患者的预后，其可通过细胞周期及肿瘤免疫相关机制影响TC进展。

关键词

生物信息学 / 甲状腺癌 / 细胞周期相关lncRNAs / 预后特征