基于增强子调控化疗相关基因的结直肠癌分型研究

摘要

目的 利用增强子RNA调控的化疗相关基因对结直肠癌患者进行分型，为精准医疗提供依据。方法 通过TCGA、 GEO数据库获取结直肠癌患者基因表达数据，筛选增强子调控的化疗相关基因，利用非负矩阵分解方法进行直肠癌患者分型，并在独立数据集中验证分型结果的稳定性。通过生存分析、 GSVA、 SubMap方法，比较各亚型患者在生存结局、代谢通路活性、免疫浸润细胞浸润等方面的差异。收集结直肠癌新辅助化疗患者血浆，检测血浆蛋白表达量，分析增强子RNA(eRNA)调控基因与结果化疗敏感性的相关性。结果 本研究收集了581人的TCGA基因表达数据，筛选50个eRNA调控的化疗相关基因，通过非负矩阵分解获得三个结直肠癌亚型：eRNA1、 eRNA2、 eRNA3, GEO验证集的分型结果与TCGA基因表达数据一致，均分为3个亚型。生存分析、代谢通路分析、免疫浸润分析提示：eRNA2,生存结局最差、 32个代谢相关通路异常激活、免疫浸润程度明显偏低。在蛋白水平上，eRNA调控基因与化疗敏感性存在关联性。结论 在缺乏有效结直肠癌临床分型的前提下，本研究通过eRNA调控的化疗相关靶基因可以进行结直肠癌稳定有效的分型；各亚型在生存结局、免疫细胞浸润、代谢相关通路研究中的差异，可为临床个体化治疗提供指导，并为相关机制研究指供线索。

关键词

结直肠癌 / 增强子RNA / 化疗 / 代谢通路

基金资助

国家自然基金面上项目(82073666)