图聚类算法在单细胞RNA测序数据的分类问题中的应用

王景炜, 郭依蓓, 祝兆媚, 李翰芳

湖北工业大学学报 ›› 2026, Vol. 41 ›› Issue (1) : 123 -131.

王景炜, 郭依蓓, 祝兆媚, 李翰芳

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摘要

综合考虑数据处理的常规方法以及细胞和基因数据的独特性，对原始数据做预处理后用图聚类算法对预处理后的数据进行分类，最终将所有的细胞分为了7类。最后，分别用UMAP和t-SNE非线性降维技术，将数据降至2维，再对分类结果进行可视化分析。基于基因在不同处理下的表达量相同得到的分类结果，采用FC法和统计检验法相结合的方法选定阈值：P<0.05，同时log₂FC≥2,FDR<0.01，来寻找差异表达的细胞基因，而后分同一类别、三个类别、所有类别等三种情况，分析了每种情况中差异化表达的基因。