基于生物信息学方法筛选肝细胞癌生物标志物

摘要

目的：利用生物信息学方法筛选肝细胞癌的关键基因，为肝细胞癌的早期发现和预后寻找非侵入性生物标志物。方法：在基因表达数据库(GEO)中使用GEO2R在线工具分析GSE135631、GSE214846、GSE176271共3个肝细胞癌数据集的差异表达基因(DEGs),取交集得到共表达差异基因。通过String数据库构建DEGs的蛋白相互作用网络，使用Cytoscape软件筛选关键基因。使用GEPIA2数据库验证关键基因在肝癌组织和癌旁组织中的表达差异。使用Kaplan-Meier Plotter在线工具分析关键基因对肝癌患者总生存期的影响。结果：获得200个共表达差异基因，包括84个下调基因和116个上调基因；筛选到10个关键基因，分别是CDK1、CDCA8、KIF2C、TOP2A、BUB1、PBK、BUB1B、ASPM、NUF2、CENPF;这些关键基因在肝癌组织中mRNA的表达水平比正常组织高，同时与患者生存期缩短显著相关。结论：筛选的关键基因有望成为肝细胞癌诊断、治疗和预后的生物标志物。

关键词

肝细胞癌 / 生物信息学分析 / 生物标志物