基于LIMMA与PPI筛选糖尿病肾病中的潜在关键基因

摘要

目的 本研究采用LIMMA算法筛选糖尿病肾病中差异表达基因(DEGs),并通过蛋白质互作网络(PPI)进一步确定其中的关键基因，以揭示糖尿病肾病潜在的关键靶点。方法 基于GEO数据库及R软件包“LIMMA”对糖尿病肾病进行差异表达基因的筛选，并对DEGs进行KEGG及GO富集分析。蛋白质互作网络(PPI)的构建通过STRING数据库完成，并经Cytoscape中CytoNCA算法确定Hub基因，同时对筛选出的Hub基因进行诊断性能评估。结果 通过3个GEO数据集筛选出24个DEGs(logFC>1,P<0.05)。GO及KEGG分析显示，DEGs在转化生长因子-β生成、免疫系统过程的调控、ECM受体相互作用等生物学功能中显著富集。同时，构建的蛋白互作网络最终确定6个Hub基因。ROC曲线分析中，Hub基因FN1、COL1A2的诊断性能最优。结论 通过LIMMA与CytoNCA算法，筛选出6个Hub基因，并经ROC曲线进行诊断性能分析，确定FN1、COL1A2可以作为糖尿病肾病诊断和治疗的潜在关键靶点。

关键词

糖尿病肾病 / 功能富集分析 / 蛋白互作网络 / 诊断性能 / 生物标志物