hcmv-miR-UL112-3p对TLR4基因调控的生物信息学分析

摘要

目的 通过生物信息学方法对hcmv-miR-UL112-3p进行靶基因预测及靶基因生物学功能分析，构建靶基因集合编码蛋白质间相互关系网络。方法 通过miRbase在线数据库检索hcmv-miR-UL112-3p序列，miRanda数据库预测hcmv-miR-UL112-3p靶基因，利用Enrichr数据库对预测靶基因进行GO分析及KEGG富集分析。运用STRING12.0和Cytoscape制作蛋白质-蛋白质相互作用网络。结果 hcmv-miR-UL112-3p成熟序列为AAGUGACGGUGAGAUCCAGGCU。hcmv-miR-UL112-3p与靶基因TLR4 mRNA有两个结合位点(5234-5255nt和3551-3572nt)。GO分析和KEGG分析显示，靶基因主要参与了调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、基因表达、细胞增殖及信号转导等生物学过程；PPI网络分析筛选出hcmv-miR-UL112-3p调控10个核心基因为RPS3、CD74、H3C12、MRPL36、RPS24、CALM2、RPL8、MRPL46、RPL31及SNRPD1。结论 hcmv-miR-UL112-3p与靶基因TLR4 mRNA存在结合位点，参与了细胞的生物学过程，可能为研究HCMV感染致病机制提供新的思路。

关键词

hcmv-miR-UL112-3p / 生物信息学 / 靶基因预测 / miRNA