鸭脂肪生成相关的miR-184-3p分析及关键靶基因筛选

摘要

为筛选miR-184-3p影响鸭脂肪生成的关键靶基因，本研究首先利用在线数据库预测miR-184-3p靶基因，并对靶基因进行富集分析和蛋白-蛋白相互作用（Protein-protein interaction,PPI）网络构建，寻找网络图中有意义的模块，然后分析靶基因在脂肪中的表达，再依据microRNA对靶基因负相关的作用机制筛选关键靶基因。最后，通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明：1）共获得225个靶基因。2)GO富集分析显示，靶基因参与细胞和大分子生物合成过程的负调控过程；KEGG富集结果包含Notch信号传导途径、动物线粒体自噬和内吞作用3条显著通路。3)PPI网络图共筛选4个核心基因；4）表达谱分析共筛选到4个基因，DVL3(Dishevelled segment polarity protein 3)、HOXA9(homeobox A9)、LIFR(LIF receptor subunit alpha)和SPECC1L(Sperm antigen with calponin homology and coiled-coil domains 1 like)；而RNA22 v2评估结果显示，仅LIFR存在P<0.05的结合位点。综上，miR-184-3p很可能通过靶向DVL3、HOXA9、LIFR和SPECC1L影响鸭脂肪发育，其中LIFR尤为重要。本研究为进一步研究鸭miR-184-3p提供了理论基础和数据支撑。

关键词

鸭 / miR-184-3p / 脂肪生成 / 生物信息学

基金资助

高校优秀青年人才支持重点项目（gxyqZD2022017）; 安徽省教育厅高校自然科学研究重点项目（2022AH050928）; 安徽省科技重大专项（201903a06020018和202103b06020015）; 安徽省高校协同创新项目（GXXT-2021-052）; 校级质量工程项目（2022yjsjy03和2022auxqhz002）; 高校产学研合作项目（KJ2021565和KJ2021357）; 教育部产学合作协同育人项目（221000488095409）