gga-miR-130b-3p对鸡MDCC-MSB1细胞中肿瘤相关基因表达的影响

摘要

为鉴定MD淋巴瘤转化细胞中gga-miR-130b-3p调控的肿瘤相关基因，本研究在MDV转化的鸡淋巴细胞系MDCC-MSB1中过表达该miRNA，转染48 h后收集并提取RNA，利用高通量测序获得过表达gga-miR-130b-3p组和阴性对照组（Negative control, NC）的转录组数据，筛选这些数据中的差异表达基因（Differential expressed genes, DEGs），对DEGs进行基因本体GO功能富集分析、信号通路分析以及基因集富集分析，筛选过表达ggamiR-130b-3p前后基因表达变化可能参与的信号通路，并对两组中的差异可变剪切进行分析。结果表明：1）与NC组相比，过表达gga-miR-130b-3p组中共鉴定出117个DEGs，其中83个DEGs显著上调，34个DEGs显著下调。其中MCM10、KCNA3、PTK2、FGL2、GPAM、BMP4、LOXL3、DDO和KRAS等基因可能影响MD肿瘤转化。2)DEGs注释到46个GO条目中，其中生物过程包含免疫系统过程等在内的22个条目，分子功能包括10个条目，细胞组分包括14个条目。3)mimics NC和mimics转染组中的DEGs以及微效基因富集到7个与肿瘤发生相关的通路，其中主要是通过甲状腺激素信号途径、胆碱代谢等通路发挥抑癌作用。4）过表达gga-miR-130b-3p后差异可变剪切类型最多的是外显子跳跃（Exon skipped,ES），其次是内含子滞留（Intron retained,IR），最少的是外显子互斥（Mutually exclusive exon,MXE）。综上，gga-miR-130b-3p高表达会引起MSB1细胞中的部分基因差异表达，这些DEGs通过抑癌信号通路抑制MD的肿瘤发展进程，该研究可为解析miRNA在MD肿瘤转化过程中的作用机制提供理论依据。

关键词

gga-miR-130b-3p / MD肿瘤相关基因 / 转录组测序 / 生物信号通路