一株牛源都柏林沙门菌的分离鉴定和全基因组序列生物信息学分析

摘要

为了解北京市某牧场奶牛出现腹泻甚至死亡原因，本研究从北京市通州区一因腹泻死亡的犊牛脾脏中分离并纯化细菌，经16S rRNA基因测序、药敏试验、毒力基因检测及全基因组测序（Whole genome sequencing,WGS），对分离菌株的毒力、耐药性等生物学特性进行分析。结果显示：1）分离菌株为都柏林沙门菌（Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin,S. Dublin），命名为SDWW24。2）药敏试验结果表明，分离株SDWW24对头孢菌素类、大环内酯类、氨基糖苷类等8类抗生素具有耐药性，属于多重耐药菌。3）通过PCR方法对12种沙门菌常见毒力基因进行检测，检出率为100%。4）分离株SDWW24全基因组长度为4 736 488 bp，同时携带一个质粒，大小为59 372 bp。预测出4 618个基因，其中包含1 082个毒力基因和168个耐药基因，并且预测基因和菌株表型之间存在高度相关性。综上，本研究分离鉴定了一株牛源都柏林沙门菌，并分析了其基本生物学特性和全基因组特征，为都柏林沙门菌的后续研究提供了参考依据。

关键词

都柏林沙门菌 / 全基因组测序 / 毒力基因 / 耐药性 / 功能分析