坤泰胶囊治疗子宫内膜异位症的机制研究：网络药理学、分子对接及分子动力学模拟方法

摘要

背景 子宫内膜异位症（EMT）为妇科常见疾病，坤泰胶囊能改善EMT相关症状，但其药理和分子机制尚缺系统阐明。目的 探讨坤泰胶囊治疗EMT中的作用机制。方法 于2024-01-01—04-31，通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、中药分子机制生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）、Pubchem和SwissTargetPrediction数据库中获取坤泰胶囊的活性成分及对应靶点。从GeneCards、DisGeNET、TTD、OMIM和Drugbank数据库中检索与EMT相关的疾病靶点，使用维恩图获得坤泰胶囊和EMT的交集靶点。运用Cytoscape构建疾病-成分-靶点网络，并使用STRING数据库构建共同靶蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络图。采用Cytoscape对PPI网络进行拓扑分析，筛选核心靶点。利用DAVID数据库进行基因本体（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。使用AutoDockTools进行分子对接。使用GROMACS分子动力学模拟进一步验证最佳结合能量模型的稳定性。结果 共确定了182个共同靶点。核心成分包括谷甾醇、二甲氧基黄酮和黄芩黄酮。其中，肿瘤坏死因子（TNF）、甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）和丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）在坤泰胶囊治疗EMT的生物网络中发挥重要作用，这些核心靶点主要参与凋亡途径的负调控及磷脂肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号等癌症通路，在EMT治疗中发挥治疗作用。分子对接和分子动力学模拟进一步证实了谷甾醇与AKT1的稳定且紧密地结合。结论 坤泰胶囊可能通过调节核心靶点如TNF，激活多条信号通路，从而在EMT中发挥治疗效果。这些发现不仅加深了对坤泰胶囊作用机制的理解，也为传统中药在EMT治疗中的潜在临床应用提供了新的见解。未来研究可以进一步探讨TCM药物如何干预EMT的病理过程。

关键词

子宫内膜异位症 / 坤泰胶囊 / 网络药理学 / 分子对接 / 分子动力学模拟