去氢骆驼蓬碱对细粒棘球蚴中EgTP53蛋白生物信息学表达的影响

摘要

目的 基于生物信息学表达分析去氢骆驼蓬碱对细粒棘球蚴中EgTP53蛋白(Echinococcus granulosus of Tumor protein p53, EgTP53)的影响。方法 将EgTP53蛋白与去氢骆驼蓬碱进行分子对接，从美国国家生物技术信息中心数据库(National Center for Biotechnology Information, NCBI)下载EgTP53的氨基酸序列，使用ProtParam蛋白分析工具进行EgTP53蛋白理化性质的预测，通过生信工具ProtScale进行疏水性的预测。使用SignalP5.0在线软件对信号肽进行预测，使用生物学在线软件工具TMHMM分析跨膜区域。借助NetPhos3.1在线软件预测磷酸化位点，利用SOMPA在线软件进行二级结构的预测。使用SWISS-MODEL在线软件对EgTP53的三级结构进行预测，采用IEDB在线软件进行B细胞抗原表位预测。使用MEGA6.0软件构建系统进化树并进行分析；采用实时荧光定量PCR技术检测去氢骆驼蓬碱作用后EgTP53蛋白的mRNA表达水平。结果 分子对接结果显示，EgTP53与去氢骆驼蓬碱的对接能量为-4.44 kcal/mol,有良好的对接位点。生物信息学分析EgTP53氨基酸数量1 108个，分子量121 799.11,等电点9.29,属于亲水性蛋白，有一个信号肽，无跨膜区，有多个磷酸化位点，28个B细胞抗原表位。其中存在TUDOR蛋白结构域，存在2个BRCT保守蛋白结构域。EgTP53与亚洲带绦虫病、带状泡尾绦虫同属一个分支，与长膜带绦虫、矮小齿壳绦虫、微口膜壳绦虫同属绦虫纲，进化关系较近，与智人、家鼠、果蝇进化关系较远。实时荧光定量PCR结果显示去氢骆驼蓬碱干预组的EgTP53蛋白的mRNA表达较空白对照组明显上调。结论 生物信息学分析表明EgTP53蛋白具有保守的功能结构域，对接点位稳定性良好，抗原表位多。

关键词

细粒棘球蚴 / EgTP53蛋白 / 生物信息学 / 分子对接 / 去氢骆驼蓬碱