基于RNA-seq数据识别宫颈癌嵌合体RNA及预后标志基因

摘要

目的 通过设计识别嵌合体的RNA-seq数据分析的新方法，挖掘出宫颈癌的关键基因，并发现与临床预后相关的标志基因。方法 本研究先综合不同方法提供的融合基因(转录本)信息，构建考虑嵌合体RNA的比对库，然后利用StringTie工具进行转录本isoform定量分析，并利用DESeq2分析宫颈癌Ⅱ期(Ⅱa)、子宫颈鳞状上皮内瘤变(CINII)、宫颈炎(Cervicitis)三个组别差异表达基因。通过WGCNA构建在不同条件下的共表达网络筛选出宫颈癌特异的关键基因，并利用TCGA数据库中宫颈癌基因表达及对应的临床数据进行Cox生存分析以筛选预后标志基因。结果 该方法应用到高发女性宫颈癌的一个RNA-seq数据集的分析，9个测序样本的平均比对率由传统方法的67.03%提升至新方法的81.28%。共识别了119 305个表达转录本，其中包括11 357个嵌合体RNA。通过宫颈癌的关键基因在TCGA数据库中生存分析得到11个与宫颈癌预后相关标志基因并以此构建预测模型，其ROC曲线下面积AUC达到0.808。结论 识别嵌合体RNA能够提升测序数据的利用效率，有助于发现宫颈癌预后标志基因。

关键词

RNA-seq数据分析 / 嵌合体RNA / 宫颈癌 / 预后标志基因

基金资助

新疆维吾尔自治区科技厅青年自然基金项目(2019D01C212); 天池英才领军人才项目(2022LJRC)