基于内质网应激相关lncRNA的肾透明细胞癌预后模型构建与药物预测

摘要

目的 基于内质网应激（ERS）相关长链非编码核糖核苷酸（lncRNA）构建肾透明细胞癌（ccRCC）患者预后模型，探讨免疫细胞浸润与ccRCC患者预后的相关性，并寻找可用于治疗ccRCC的新药物。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库获取ccRCC肿瘤与癌旁组织的转录组和临床数据。从MSigDB数据库获取ERS相关基因集。通过Pearson相关性分析筛选ERS共表达lncRNA。通过Lasso回归和单、多因素Cox回归分析筛选有预后意义的ERS相关lncRNA（ERSRL）并构建预后模型。根据预后模型公式计算每个样品的风险值，以中位值为界，将患者分成高、低风险组进行生存差异分析。通过生存曲线、受试者特征曲线、校准曲线评估该预后模型的预测效能。利用CIBERSORT数据库探讨高、低风险组的免疫细胞浸润情况。利用GDSC数据库探讨ERSRL和药物敏感性之间的关系，并筛选对ccRCC具有潜在疗效的药物。结果 筛选得到9个有独立预后价值的lncRNA构建预后模型。Kaplan-Meier分析表明高、低风险组之间存在明显生存差异。单、多因素Cox回归分析表明年龄、分级、分期和风险评分可作为ccRCC的独立预后影响因素。训练集风险评分模型1、3、5年生存率的曲线下面积（AUC）分别为0.754（95%CI:0.659～0.848）、0.744（95%CI:0.667～0.815）、0.759（95%CI:0.662～0.820）,C-index为0.777（95%CI:0.759～0.796）。免疫浸润结果表明，与低风险组相比，在高风险组中的浆细胞、激活的记忆CD4⁺T细胞、调节性T细胞、M0巨噬细胞、活化肥大细胞浸润水平高。药物敏感性分析筛选得到AZD8055等12种对ccRCC具有潜在疗效的药物。结论 基于9个ERSRL构建的ccRCC患者的生存预后预测模型预测效能较好。AZD8055等12种药物对ccRCC具有潜在疗效。

关键词

内质网应激 / 肾透明细胞癌 / 预后模型 / 免疫浸润 / 药物敏感性

基金资助

山西省重点研发计划项目(No.202102130501003、201903D311011); 山西省回国留学人员科研资助项目(No.HGKY2019057); 山西省研究生教育创新项目(No.2022Y426)