泛癌细胞类型特异性基因共表达模式

摘要

目的 基于单细胞转录组学数据，探究多种癌症组织中不同细胞类型的基因共表达规律。方法 依托大规模公共单细胞转录组学数据，运用CS-CORE方法为6种常见的细胞类型在5种不同的癌症中分别构建了细胞类型特异性的基因共表达图谱。结果 共获得30张高质量的基因共表达图谱。在所研究的细胞类型中，恶性细胞的共表达基因对数量最多，具有相对复杂的基因调控机制；跨癌症类型的分层聚类结果显示转录因子的调控广度在同一细胞类型中倾向于保守；此外，巨噬细胞具有最多的差异共表达基因对，巨噬细胞的基因调控网络可能易受肿瘤微环境的影响。结论 本研究系统构建了癌症组织中细胞类型特异性的基因共表达图谱，并在泛癌视角下揭示了基因共表达的若干规律。

关键词

细胞类型特异性 / 基因共表达 / 癌症 / 单细胞转录组 / 泛癌

基金资助

国家自然科学基金面上项目(32370715); 山东省海外优青项目(2023HWYQ-015); 泰山学者青年项目(tsqn202312020)