2021年济宁市柯萨奇病毒A组6型分离株全基因组特征分析

摘要

目的 分析2021年济宁市柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CVA6)流行特点和全基因组特征，为手足口病的防控提供依据。方法 采用反转录实时荧光定量PCR(reverse transcription quantitative real-time PCR,RT-qPCR)法对2021年济宁市11县市区采集的手足口病病例样本进行CVA6核酸检测；将CVA6阳性样本接种到人横纹肌瘤细胞进行病毒的细胞培养，提取病毒核酸，并采用二代测序技术进行全基因组测序；采用MEGA 7.0.14、RNAfold、NetPhos 3.1、NetNGlyc 1.0和GPS Lipid生物信息学软件进行相似性、构建内部核糖体进入位点(internal ribosome entrysite, IRES)二级结构、磷酸化位点、糖基化位点和脂酰化位点分析。结果 核酸检测结果显示，2021年济宁市手足口病肠道病毒阳性病例中CVA6占比为35.79%(97/271)。全基因组测序结果显示，3株CVA6与原型株Gdula的核苷酸同源性为80.69%～80.95%,多聚蛋白氨基酸同源性为94.83%～94.92%。生物信息学分析结果显示，在进化树上，3株CVA6均位于D3a进化分支，但位于不同的进化簇。与原型株Gdula相比，5’UTR的IRES区共发生了7处核苷酸变异，VP1抗原表位发生了Q98L、G160S变异，VP1受体结合位点发生了S194T变异，3D聚合酶活性位点发生了T308S、L342S和K346R变异。此外编码蛋白的磷酸化位点、糖基化位点和脂酰化位点均发生多处位点的变异。结论 2021年济宁市手足口病病例中CVA6是主要病原体，向适应宿主的方向进化，应加强对CVA6的监测和防控。

关键词

手足口病 / 肠道病毒 / 柯萨奇病毒A组6型 / 全基因组分析

基金资助

山东省医药卫生科技发展计划项目(202112060725); 山东省学校卫生协会科研课题(SDWS2022046)