耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌全基因组测序及黏菌素耐药分析

摘要

目的 通过全基因组测序分析临床耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）的分子流行病学及黏菌素耐药基因，为临床诊疗提供参考。方法 收集2021—2023年安徽省某三级甲等综合医院住院患者临床标本分离的57株CRKP,对所有菌株进行药敏试验。采用全基因测序技术分析CRKP菌株多位点序列分型、荚膜血清型、耐药基因和毒力基因，并对所有菌株序列进行单核苷酸多态性分析，采用聚合酶链式反应（PCR）方法扩增与黏菌素耐药相关基因。结果 57株CRKP对除替加环素外的14种抗菌药物均为耐药。测序结果显示，93.0%（53/57）的CRKP携带bla_KPC-2,ST11型CRKP菌株检出率最高（51/57,89.5%）。单核苷酸多态性聚类分析表明，57株CRKP分为11个克隆群，其中有4个克隆群均为ST11-KL64型CRKP。40株（70.2%）CRKP携带多种毒力基因。5株黏菌素耐药CRKP,其耐药机制是在mgrB基因70位点处插入一个ISKpn26元件。结论 CRKP菌株以产KPC-2 ST11-KL64型为主要流行型，在重症监护病房有播散性流行。ISKpn26元件插入引起mgrB基因突变与该地区CRKP黏菌素耐药有关。

关键词

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 / 全基因组测序 / 单核苷酸多态性分析 / 黏菌素 / 耐药 / ISKpn26

基金资助

安徽医科大学第二附属医院临床研究培良计划项目(2021LCYB04); 安徽省高校自然科学研究项目(2023AH053175); 安徽省转化医学研究院科研基金项目(2023zhyx-C78);安徽省转化医学研究院科研基金项目(2021zhyx-C47)