临床分离高黏液肺炎克雷伯菌耐药性及基因组特征分析

摘要

目的 分析临床分离高黏液肺炎克雷伯菌（hmKp）的耐药情况及基因组特征。方法 收集2019—2023年分离自淮安市国家致病菌识别网哨点医院临床标本的肺炎克雷伯菌，使用VITEK 2 Compact对菌株进行鉴定，拉丝试验判断黏液表型，微量肉汤稀释法测定hmKp的耐药性。应用全基因组测序技术进行分子分型，并对菌株携带的毒力和耐药基因进行注释。结果 共收集hmKp 60株，主要分离自痰标本（33.33%）和血标本（28.33%）。60株菌株基因组平均大小为5.6 Mb,平均GC含量为57.09%。多位点序列分型（ST）显示，有28种ST型，优势ST型为ST11（11.67%）、ST15（11.67%）和ST412（10.00%）。核心基因组多位点序列分型（cgMLST）分析发现，部分菌株高度同源，未发现暴发菌株。多重耐药菌株占60.00%,耐亚胺培南菌株占28.33%。共携带64种耐药基因，其中84.38%的耐药基因位于可移动原件上，磷霉素相关耐药基因、超广谱β-内酰胺类抗生素相关耐药基因在菌株中携带率较高，分别为100%、98.33%。碳青霉烯类耐药基因bla_KPC-2,21.67%由ST11、ST1和ST15菌株携带；bla_NDM-5基因3.33%由ST76菌株携带。共携带101种毒力基因，其中Colibactin和Ⅵ型分泌系统相关毒力基因种类最多。所有菌株均携带荚膜合成调节相关基因（rcsA、rcsB）、外排泵相关基因（acrA、acrB）和肠杆菌素相关基因（entABCEF、fepABCDFG、fes）。结论 淮安地区临床分离的hmKp呈现多重耐药，优势ST型为ST11、ST15和ST412,携带多种能够进行水平转移的耐药基因和毒力基因，应加强防控措施。

关键词

高黏液肺炎克雷伯菌 / 耐药性 / 耐药基因 / 毒力基因 / 全基因组测序 / 高毒力

基金资助

淮安市自然科学研究计划项目(HABZ202109); 江苏省预防医学科研课题(Y2018047); 淮安市社会发展计划(HAS202409)